本实用新型涉及生物芯片玻璃表面处理技术领域，具体涉及一种生物芯片玻璃用具有承载结构的表面光滑处理装置，包括底座，底座上端左右对称连接有支撑架，底座上端中部放置有光滑液箱，底座上安装有升降机构，升降机构上安装有承载组件；两个支撑架的上端与顶箱的底端对应连接，顶箱底端中部设置有一段通槽，顶箱上安装有移动打磨机构；该表面光滑处理装置通过承载组件、升降机构以及移动打磨机构之间的相互配合，能够充分均匀对生物芯片玻璃表面进行光滑处理，同时能够对光滑处理的生物芯片玻璃进行全方位清洗工作。