本发明涉及一种多糖核酸免疫调节药物的质量检测方法，包括以下步骤：提取所述多糖核酸免疫调节药物中的核酸组分；对所述核酸组分进行测序得到样品测序数据；分析统计所述样品测序数据，得到所述核酸组分中CpG基序的出现频次；将所得频次数据与所述核酸组分供体生物的相应CpG基序频次的参比信息进行比较以确定质量。本发明的质量检测方法通过测序技术对多糖核酸免疫调节药物中的核酸片段进行测序，再利用生物信息学技术进行分析探讨，即可确定具有免疫活性的CpG结构在药物产品中的存在情况，从而用于阐述产品的核酸物质基础，实现产品质量的快速有效检测。若与生产企业制定的标准数据进行比对，还可有效地分辨产品真伪。